O WIKINDX é um ambiente para armazenar referências bibliográficas, notas e citações pesquisáveis, para utilizadores individuais ou múltiplos. Possui também um processador de texto integrado para elaborar artigos formatados automaticamente para diversos estilos de citações.

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O Zotero ["zoh-TAIR-oh"] é uma extensão para o Firefox livre e fácil de usar que o ajuda a recolher, gerir e citar as suas fontes de pesquisa bibliográfica. Vive precisamente onde o trabalho de pesquisa é feito, no próprio navegador web.

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O refbase é um sistema web, multi-utilizador, com a finalidade de gerir referências bibliográficas. O refbase foi desenvolvido com a preocupação de cumprir com standards internacionais. É baseado em php e mysql, oferecendo ferramentas de procura poderosas e listas de citações geradas automaticamente.

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O Pybliographer é uma ferramenta para gerir bases de dados bibliográficas. Com um interface Gnome fácil de utilizar, permite a edição, procura e inserção de citações nos programas LyX, Kile e Openoffice.org, além de pesquisa em bases de dados como PuMed, Web of Science, Citeseer, etc.

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JabRef é um software de gestão de referências bibliográficas que usa como formato nativo BibTex. O JabRef fornece um interface fácil de usar para editar e gerir ficheiros BibTex. Permite também a importação de referências provenientes de bases de dados científicas online. O JabRef corre em Java VM (versão 1.5 ou mais recente).

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O Aigaion é um sistema de gestão de referências bibliográficas via web. Investigadores ou grupos de investigação sabem como é da maior importância organizar a literatura à medida que é consultada. Uma bibliografia bem organizada é um instrumento poderoso. Acelera a procura de publicações que já foram lidas e ajuda na estruturação da informação. Aigaion fornece um ambiente de gestão de bibliografia para uso individual até a um departamento completo de investigação.

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RefDB é uma base de dados de referências bibliográficas e não só. Use-o para gerir a sua colecção de publicações científicas ou qualquer outra colecção de documentos impressos ou electrónicos, em conjunto com as suas notas pessoais. A ferramenta bibliográfica permite também criar documentos com citações e bibliografias formatadas a partir de fontes DocBook, SGML/XML, TEI XML e LaTeX. O RefDB também pode servir como fonte de dados para outras aplicações. POde usar o interface SRU, ou bibliotecas Perl e PHP para integrar a funcionalidade do RefDB directamente nos seus próprios projectos.

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